Cùng với những ưu điểm trong sự hỗ trợ của bộ chủ quản, các trường sớm trưởng thành về mặt tài chính, tổ chức nhân sự, nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế..., trở thành chỗ dựa cho bộ chủ quản về hoạch định một số chính sách phát triển ngành, đào tạo nguồn nhân lực chuyên môn. 

Tuy nhiên, công tác quản lý nhà nước của Bộ GD-ĐT có trở ngại nhất định, khó tập trung nguồn lực để triển khai những chương trình lớn của Nhà nước, của ngành ĐH, khó đề ra các chính sách cho ĐH. Mặt khác, bản thân các trường có tư tưởng ỷ lại, trông chờ vào các nguồn nhân lực của bộ chủ quản khiến cho môi trường hoạt động đào tạo và nghiên cứu khoa học của trường hết sức thụ động...

Hạn chế nữa, cơ chế bộ chủ quản đã tạo nên tính khép kín trong một bộ, ngành dẫn đến tính cát cứ, cục bộ. Một hình dung dễ thấy là trong nhiều công việc, bộ chủ quản trở thành cơ quan trung gian; trường chịu sự chỉ đạo của nhiều cơ quan quản lý nên mất tính chủ động, sức ép tăng lên, hiệu quả giảm đi...

Theo cơ chế bộ chủ quản của phần lớn các bộ ngành, bộ chủ quản đảm đương rất nhiều công việc tác nghiệp cụ thể của trường ĐH, ra quyết định về rất nhiều vấn đề lẽ ra thuộc quyền tự chủ của trường, buộc nhà trường phải xin ý kiến bộ một cách hình thức quá nhiều việc.

Theo đề xuất của các chuyên gia giáo dục, khi xóa cơ chế bộ chủ quản, quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm của trường sẽ thể hiện thông qua Hội đồng trường. GS Phạm Phụ (ĐH Bách khoa TP.HCM) nhận xét: Hội đồng trường là tổ chức quyền lực cao nhất ở trường ĐH, chịu trách nhiệm quyết định về phương hướng hoạt động của nhà trường, huy động và giám sát việc sử dụng các nguồn lực dành cho nhà trường; quyết nghị về mục tiêu, chiến lược...

Từ nay đến năm 2010 là thời gian thực hiện những công việc cần làm để xóa bỏ cơ chế bộ chủ quản đối với các trường ĐH. Theo đó, những việc cần làm gồm: Xây dựng đề án của Chính phủ về chuyển đổi cơ chế quản lý; Ban hành quyết định của Thủ tướng Chính phủ về việc chuyển đổi cơ chế quản lý. Cùng với đó, từng bộ ngành, địa phương ra quyết định chuyển đổi đối với từng trường...

Đến nay, đã có trên 15 bộ, ngành và 6 tỉnh thành phố trực tiếp quản lý 73 trường ĐH công lập (chưa kể các trường quân đội, công an). Bộ chủ quản có nhiều trường ĐH nhất là Bộ GD - ĐT với 33 trường. Kế đến là Bộ Y tế (8 trường) và Bộ Văn hóa - Thông tin (6 trường)...

Hội đồng quốc gia giáo dục trong phiên họp tháng 1/2006 tới đây sẽ bàn về vấn đề này. Bạn có đóng góp ý kiến gì cho vấn đề "xoá bỏ cơ chế bộ chủ quản"?