Các trường hợp sẽ được miễn thuế SDĐNN gồm: Miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp trong hạn điền cho hộ nông dân, kể cả các trường hợp hộ nông trường viên, xã viên hợp tác xã sản xuất nông nghiệp nhận đất giao khoán của doanh nghiệp, hợp tác xã để sản xuất nông nghiệp. Miễn thuế SDĐNN trong hạn điền đối với các hộ nông dân đã đưa ruộng đất vào thành lập các HTX sản xuất nông nghiệp theo Luật HTX. 

Thứ hai, miễn thuế SDĐNN trên toàn bộ diện tích đất được giao đối với các hộ nghèo (theo quy định chuẩn hộ nghèo của Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội) và hộ sản xuất nông nghiệp ở các xã đặc biệt khó khăn theo chương trình 135 của Chính phủ. 

Thứ ba, giảm 50% số thuế ghi thu hàng năm cho các đối tượng còn lại có diện tích đất sản xuất nông nghiệp chưa được miễn thuế SDĐNN theo quy định tại hai điểm trên đây và diện tích đất sản xuất nông nghiệp vượt hạn điền đối với các hộ nông dân và các hộ sản xuất nông nghiệp khác. 

Theo Chính phủ, sau khi thực hiện việc miễn giảm này, với khoảng 310.100 ha diện tích thu thuế còn lại hiện nay, nếu tính giảm 50% số thuế ghi thu thì ước tính số thuế còn lại khoảng 75 tỷ đồng/năm. 

Trước đây, Nghị quyết Hội nghị Ban chấp hành Trung ương Đảng lần thứ 5, khoá IX đã nêu: ''Miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp trong hạn điền đến năm 2010 cho hộ nông dân. Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp trong một thời gian nhất định đối với hợp tác xã nông, lâm, diêm, ngư nghiệp mới chuyển đổi hoặc mới thành lập''. Quốc hội khoá XI, Kỳ họp thứ hai đã có Nghị quyết quy định: ''Từ năm 2003 thực hiện miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp trong hạn điền; đồng thời tăng cường công tác kiểm tra, giám sát không để tình trạng lạm thu khi Nhà nước miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp trong hạn điền đối với nông dân''.

Như vậy, việc miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp chỉ áp dụng đối với hộ gia đình, cá nhân nông dân được giao đất sản xuất nông nghiệp, nuôi trồng thuỷ sản có quy định về hạn mức đất sản xuất nông nghiệp (đất nông nghiệp là đối tượng chịu thuế được quy định tại Điều 2 của Luật Thuế sử dụng đất nông nghiệp).

Theo tờ trình của Chính phủ, ngoài hộ nông dân là đối tượng nộp thuế được miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp trong hạn điền, Chính phủ đề nghị cho phép thực hiện miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp đối với các hộ nông trường viên và hộ xã viên nhận giao khoán ruộng đất của các nông lâm trường, trạm trại và các HTX sản xuất nông nghiệp; miễn giảm thuế sử dụng đất nông nghiệp trên toàn bộ diện tích đất được giao đối với các hộ nghèo và hộ sản xuất nông nghiệp ở các xã đặc biệt khó khăn. Đồng thời thực hiện giảm 50% thuế sử dụng đất nông nghiệp cho các đối tượng còn lại chưa được miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp, bao gồm cả hộ nông dân và hộ sản xuất nông nghiệp khác có diện tích đất sản xuất nông nghiệp vượt hạn điền.

Giảm thuế để tạo sự công bằng

Chính phủ đã lý giải, việc giảm thuế nhằm tạo sự công bằng cho tất cả những người sử dụng đất. Nếu thực hiện Nghị quyết của Quốc hội và quy định của Luật Đất đai thì đối tượng được miễn thuế SDĐNN từ năm 2003 đến năm 2010 chỉ là đối tượng có quy định hạn mức sử dụng đất bao gồm: Hộ gia đình, cá nhân nông dân có đất sản xuất nông nghiệp trong hạn điền, còn các đối tượng sản xuất nông nghiệp khác không có quy định hạn mức đất sản xuất nông nghiệp thì không thuộc diện miễn thuế SDĐNN. 

Nhưng thực tế hiện nay, hầu hết các nông, lâm trường, trạm, trại sản xuất nông nghiệp (gọi chung là doanh nghiệp) và các hợp tác xã sản xuất nông nghiệp đều đã giao khoán ruộng đất đến từng hộ nông trường viên và hộ xã viên. Bên cạnh đó còn có các hình thức sản xuất là các hộ nông dân được giao đất trước đây nay tự nguyện góp ruộng đất vào thành lập các hợp tác xã theo Luật Hợp tác xã mới. Nếu các đối tượng này không được miễn thuế sẽ không công bằng vì thực chất các hộ này cũng như các hộ nông dân được giao khoán đất đều chịu trách nhiệm quản lý sản xuất có hiệu quả trên diện tích đất được giao. Mặt khác, chủ trương của Đảng, Quốc hội và Chính phủ mấy năm qua đã mở rộng diện miễn, giảm thuế, đặc biệt từ năm 2002 đã miễn thuế cho hộ nghèo, đồng bào ở vùng sâu, vùng xa và cho giảm 50% thuế SDĐNN cho tất cả các đối tượng có tham gia sản xuất nông nghiệp.