Theo kết quả bỏ phiếu, Thống đốc Edmund Stoiber thuộc Liên minh Xã hội Thiên chúa giáo (CSU) giành được 60,7% số phiếu tại Bavaria, trong khi Đảng Dân chủ xã hội của ông Schroeder chỉ giành được 19,6% phiếu.

CSU đã giành quyền lãnh đạo bang Bavaria thịnh vượng trong suốt hơn 40 năm và được nhiều người dự đoán sẽ giành thắng lợi. Song khoảng cách quá lớn giữa CSU và Đảng Dân chủ xã hội đã phản ánh sự thất vọng của người dân Đức với những kế hoạch cải cách của chính phủ, với việc điều hành nền kinh tế trì trệ của ông Schroeder trong 3 năm liên tiếp. Ông Stoiber, người bám sát nút ông Schroeder trong cuộc bầu cử toàn quốc năm ngoái đã coi đây là kết quả của một "cuộc bỏ phiếu bất tín nhiệm" trong chính phủ liên bang. Tuy nhiên, ông không nói rõ liệu ông có dùng thắng lợi này để "thách thức" vị trí của Schroeder trong cuộc bầu cử toàn quốc lần tới không.

Cuộc bỏ phiếu tại Bavaria là thất bại lần thứ ba của Đảng Dân chủ xã hội trong các cuộc bầu cử bang năm nay, sau thất bại tại Hesse và Hạ Saxony. Lãnh đạo Đảng Dân chủ xã hội tại Bavaria Franz Maget cho biết: "Tôi biết rằng nhiệm vụ của chúng tôi sẽ rất khó khăn. Tôi quả thực không mong đợi một thất bại như vậy. Chúng tôi là nạn nhân của cuộc thảo luận chính trị liên bang".

Kết quả mà CSU vừa nhận được cao hơn so với kết quả hồi năm 98 của đảng này và gần đuổi kịp kết quả hồi năm 1974, trong đó CSU giành được 62,1% phiếu. Uy tín của CSU xuất phát từ thành tựu về kinh tế tại Bavaria kể từ thế chiến II, và đặc biệt  là sự hiện diện gần đây của các công ty phần mềm tại bang này.