Trong phản ứng đầu tiên của Mỹ trước bản báo cáo bí mật của IAEA về vấn đề hạt nhân Iran, Thứ trưởng Ngoại giao Mỹ John Bolton cho biết: ''Việc IAEA không tìm thấy bằng chứng về chương trình hạt nhân của Iran là điều hết sức khó tin''. 

Ông Bolton cho biết thêm, bản báo cáo của IAEA lưu hành đầu tuần này thực tế đã khẳng định lập luận của Mỹ rằng: ''Nỗ lực lớn và che đậy cẩn thận của Iran để thu được năng lượng hạt nhân chỉ là một phần trong chương trình hạt nhân của nước này''.

Một số chuyên gia vũ khí cũng nhận xét, bản báo cáo của IAEA có phần ủng hộ những cáo buộc của Mỹ về chương trình vũ khí nguyên tử bí mật của Iran. Tuy nhiên, cho đến nay Tổng thống Iran Mohammad Khatami vẫn khẳng định chính sách hạt nhân của nước này thuần tuý vì mục đích hoà bình.

Cựu trưởng phái đoàn thanh sát viên vũ khí LHQ Hans Blix cũng đã khẳng định không có bằng chứng trực tiếp cho thấy Iran lợi dụng chương trình năng lượng dân sự để chế tạo bom nguyên tử. Bản báo cáo của IAEA mang nội dung chỉ trích chính sách hạt nhân của Iran, song không có bằng chứng về chương trình vũ khí của nước này. 

Theo bản báo cáo trên, Iran thừa nhận đã sản xuất một khối lượng nhỏ chất plutonium, một nguyên liệu được sử dụng trong việc chế tạo bom nguyên tử. Tổng thống Khatami nhấn mạnh: ''Không quan trọng chúng tôi có loại máy gì, điều quan trọng là chúng tôi không theo đuổi chương trình phát triển vũ khí hạt nhân''.